Skały są starą górniczą miejscowością, o której istnieniu wzmiankują dokumenty z 1398 roku. Pierwotny kościół był nieco większy niż ten współczesny, wykonany z drewna i posiadał budynek parafialny. Tradycja mówi, że kościół postawiono z polecenia Sydonii Heindrich, której płyta nagrobna znajduje się przy głównym ołtarzu. Jest na nim przedstawiona naturalnej wielkości kobieta i napis głoszący: „Roku Pańskiego 1572, dnia 23 października w Panu zasnęła pani Sydonia von Fels. Niech Bóg będzie jej miłościwy teraz i na wieki. Amen.“ Według niemieckich kronik Sydonia, właścicielka szlacheckiego dworu, ufundowała kościół w Skałach dla braci czeskich, tzw. pikardów, którzy mieli się tutaj osiedlić. Ten gest nie jest jednak podparty żadnym dokumentem, a z historii wiemy, że ten kościółek jako jeden z nielicznych, służył w okresie reformacji na Ziemi Rymarzowskiej katolikom. Obecny kościół postawiono w 1812 roku i poświęcono św. Wacławowi. Obraz w ołtarzu, który służył już w pierwotnej świątyni, namalował sławny rodak z Janowic koło Rymarzowa Jan Krzysztof Handke w roku 1749. W czasie generalnego remontu wnętrza świątyni w latach osiemdziesiątych dwudziestego wieku, stare ławki zastąpione zostały umeblowaniem ze zlikwidowanej janowickiej zamkowej kaplicy. Kościół stoi pośrodku starego cmentarza i jest wraz z okalającym murem uznany za zabytek kultury.
